يختلف نظام التعليم العالي في مؤسسات التعليم العالي البلجيكية بحسب التقسيم الإداري للأقاليم التي تتبع لها هذه المؤسسات، وبشكل عام فالرسوم الدراسية في مؤسسات التعليم العالي البلجيكية منخفضة، وهي تتراوح بين 8900 و 4,1755 يورو خلال السنة الأكاديمية، ويستثنى طلاب الدول الأقل نماءًا كالسودان واليمن، حيث يحصلون على التعليم مجانًا ويتم إعفاؤهم من الرسوم الدراسية.

وتختلف قيمة الرسوم بحسب الجامعات والإقليم الذي يضمها، ففي المناطق الناطقة بالألمانية تتراوح هذه الرسوم بين 100-600 يورو سنويًّا، وبين 42-1,5000 يورو سنويًّا في الإقليم الفلامندي، وبالنسبة لطلاب الدكتوراه فالرسوم الدراسية الخاصة ببرامج الدكتوراه لا تزيد عن 8355 يورو سنوياًّ.

كما أن متطلبات اللغة الخاصة بالبرنامج الدراسي تختلف بحسب لغة البرنامج حيث تستخدم إحدى اللغات الألماني الفرنسي الهولندي، وبشكل عام يجب أن يجتاز الطالب في امتحانات إحدى هذه اللغات المستوى B1 بحسب الإطار الأوروبي المرجعي العام للغات.